一、miRNA提取的方法

miRNA提取的難點在于其分子太小，不易被醇類沉淀，也不易被常規(guī)的硅膠吸附膜吸附。miRNA的提取方法主要有兩種形式，一種是提取樣品中的總RNA后，通過PAGE電泳或PEG，將總RNA中的小片段RNA分離出來，最后對小片段的RNA進行沉淀回收，從而獲得miRNA。另一種是硅膠柱吸附法，采用特殊硅基質(zhì)吸附材料在添加適量乙醇的條件下，可特異吸附小片段RNA（小于200nt），最終得到miRNA。傳統(tǒng)方法提取miRNA通常采用第一種，而miRNA提取試劑盒一般采用硅膠柱吸附法。前者的主要缺點在于實驗步驟較為繁瑣，影響因素較多，最終獲得的miRNA純度較差，不利于后續(xù)實驗；而后者操作簡便，獲得的miRNA純度良好。

二、miRNA提取的操作流程

miRNA提取
Vazyme動物細(xì)胞和組織miRNA柱式提取試劑盒-MiPure Cell／Tissue miRNA Kit（ Vazyme #RC201)。

·Vazyme ＃RC201產(chǎn)品優(yōu)勢

1．高效的提取效率：有效分離長度20～200nt的小片段RNA。

2．簡便的操作流程：結(jié)合高效的RNA Isolater抽提試劑和硅膠柱純化技術(shù)，1h內(nèi)完成miRNA提取。

3．廣泛的適用性：提取的miRNA純度高，兼容常規(guī)qPCR、Northern雜交、芯片分析及miRNA文庫構(gòu)建。

Vazyme ＃RC201實驗案例-一非常高的提取效率

使用 MiPure Cell ／Tissue miRNA Kit （Vazyme ＃RC201）與total RNA提取試劑（Trizol）分別從等量樣本（細(xì)胞或小鼠肝臟組織）中提取miRNA、total RNA，瓊脂糖凝膠電泳檢測等量產(chǎn)物，結(jié)果如下圖所示：對于細(xì)胞或小鼠組織，Vazyme ＃RC201提取得到的產(chǎn)物中不含有大分子RNA，如18S、28S rRNA。通過qPCR實驗檢測等量產(chǎn)物中miR-16基因，結(jié)果顯示，Vazyme ＃RC201 對于miRNA的提取產(chǎn)量優(yōu)于Trizol法。

注意事項

1．本制品的裂解液RNA Isolater中含有C6H6O，具有毒性和腐蝕性。如果吸入體內(nèi)、接觸皮膚、吞食等會導(dǎo)致中毒、灼傷以及其他身體傷害。使用本制品時應(yīng)穿戴防護物品，如防護服裝、手套、面罩等。

2．所有操作步驟，如果沒有特別指出，均在常溫條件下（15～25℃）進行。

3．RNA得率和質(zhì)量與組織樣本用量和洗脫體積有關(guān)，建議每1ml RNA Isolater 裂解 10～100mg組織，或不多于5x106個細(xì)胞。洗脫體積應(yīng)不少于30μl，否則會影響RNA的得率。

4．使用本試劑盒時，請穿戴實驗服、一次性乳膠手套、一次性口罩等，最大限度的避免RNase 污染。

5．樣本的選擇及保存會很大程度上影響RNA的產(chǎn)量以及質(zhì)量。應(yīng)盡可能的采用新鮮的動物組織或細(xì)胞進行RNA提取。如果采集的樣本暫不提取RNA，可以將新采集的樣本立即置于液氮中速凍后于-70℃保存，并且避免反復(fù)凍融，或者將樣本立即置于RNA Isolater裂解液中勻漿后，置于-70℃保存。為了避免RNA的降解，樣本的采集與保存應(yīng)盡可能迅速地進行。

6．樣本破碎需全部破壞細(xì)胞膜及細(xì)胞器以釋放RNA，破碎不充分將影響RNA的產(chǎn)量，勻漿時盡量低溫，防止因勻漿過程中產(chǎn)生的熱量導(dǎo)致RNA降解。

7．RNA在RNA Isolater中不會被 RNase 污染，但裂解后處理過程應(yīng)保證RNase-free環(huán)境。

8．本試劑盒可去除體系中基因組DNA，純化獲得的RNA通常無需使用DNase處理即可用于下游實驗操作。如果下游實驗對痕量的DNA十分敏感，可以選用商業(yè)化RNase-freeDNase 全部清除。

實驗流程

1．樣品的處理

樣品的均質(zhì)化處理是所有RNA提取所必需的步驟。通過吹打或勻漿讓細(xì)胞或組織塊快速分散、細(xì)胞壁和細(xì)胞質(zhì)膜破裂，從而使核酸釋放到裂解液中。均質(zhì)化不充分可能會導(dǎo)致RNA產(chǎn)量和純度下降。下面列舉了幾種常見的樣品均質(zhì)化處理方法：

1.1 液氮處理

切取適量組織稱重，置于預(yù)冷的研缽中，迅速加入液氮，將組織研磨成粉末，然后將粉末倒入預(yù)冷的離心管中（注意：預(yù)先冷卻離心管，否則樣品倒入時，液氮沸騰會造成樣品損失）。待液氮全部揮發(fā)后，加入適量的RNA Isolater渦旋混勻。由于液氮研磨只能起到打散樣品的作用，所以最好再用注射器吹打或機械勻漿器勻漿，以降低裂解液的粘稠度。

1.2機械勻漿器勻漿

機械勻漿器能高效勻漿大部分組織和細(xì)胞，并同時起到打散和勻漿的作用。把樣品置于合適的1～5ml玻璃管或離心管中，加入RNA Isolater，把轉(zhuǎn)子插入RNA Isolater中，低溫高速間斷勻漿，每次為10～30sec，間隔相同時間直至樣品全部勻漿。使用機械勻漿器時，一般組織都可以在一分鐘內(nèi)達(dá)到理想的勻漿效果。大部分的機械勻漿器都帶有不同大小的轉(zhuǎn)子，小體積的裂解液適合使用較小的轉(zhuǎn)子。

1.3 玻璃勻漿器

把樣品和適量的裂解液轉(zhuǎn)移至玻璃勻漿器中，上下推磨直至組織塊被充分打散。

2．RNA的提取

小分子RNA的提取可分為細(xì)胞小分子RNA和動物組織小分子RNA，不同小分子RNA的提取均可使用Vazyme ＃RC201，提取原理及流程概要如下：

2.1 細(xì)胞小分子的RNA的提取

該方案適合于從少于5x106個培養(yǎng)細(xì)胞樣品中富集小分子RNA（＜200nt）。

（1）收集細(xì)胞。

a．懸浮培養(yǎng)細(xì)胞：計算細(xì)胞數(shù)量，300g離心5min收集細(xì)胞，小心棄除培養(yǎng)液，按2.1中的第2步進行操作。

b.貼壁細(xì)胞：貼壁細(xì)胞可在培養(yǎng)瓶／皿中直接裂解，也可經(jīng)胰酶消化后離心收集。

直接裂解：計算細(xì)胞數(shù)量，全部棄除培養(yǎng)液，按2.1中的第2步進行操作。

胰酶消化處理：計算細(xì)胞數(shù)量，棄除培養(yǎng)液，加入適量PBS清洗細(xì)胞，棄除PBS，再加入含0.1～0.25％胰酶（Trypsin）的PBS消化細(xì)胞。當(dāng)細(xì)胞從壁上脫落后，加入含血清的培養(yǎng)液，并轉(zhuǎn)移至離心管，300g離心5min。收集細(xì)胞，按2.1中的第2步進行操作。

（2）加入1ml RNA Isolater至細(xì)胞樣品中，渦旋或吸打處理細(xì)胞沉淀團。

離心收集的細(xì)胞：先彈打使細(xì)胞松散，再加入1ml RNA Isolater，用移液槍吸打10～15次全部打散細(xì)胞。貼壁細(xì)胞直接裂解：全部棄除培養(yǎng)液后，向培養(yǎng)瓶或培養(yǎng)皿中加入1 ml RNAIsolater。用槍吹打使細(xì)胞從壁上全部脫落，收集裂解液，并轉(zhuǎn)移至離心管中。

（3）室溫放置2～3min 讓細(xì)胞充分裂解。

此時樣品可在2～8℃保存一周，-20℃至-70℃保存六個月以上。

（4）加入200μlCHCL3至裂解液中，用手劇烈振蕩15sec，室溫靜置3min。

用渦旋取代振蕩可能會帶入基因組DNA污染。

（5）4℃，12,000 rpm（13,400xg）離心15 min。吸取500μl的上清液至新的1.5ml離心管中。

請小心吸取上清水相，避免吸到中間層和下層有機相而影響后續(xù)提取結(jié)果。

（6）加入160μl的無水乙醇至上清液中，渦旋混勻10sec。（以下離心均在室溫下進行）

（7）把RNA柱（MiPure RNAspin Column）置入2ml收集管（Collection Tube）。將上述混合液轉(zhuǎn)移至RNA柱中12,000rpm（13,400xg）離心30 sec。

（8）加入0.9倍體積的無水乙醇至濾液中，用移液槍吸打混勻3～5次。

舉例：若濾液體積為640μl，則需加入576μl無水乙醇。

（9）把miRNA柱（MiPure miRNA Column）置入2ml收集管中。轉(zhuǎn)移一半體積的混合液至miRNA柱中12,000rpm（13,400xg）離心30 sec。

（10）棄濾液，把miRNA柱置回收集管中。轉(zhuǎn)移剩余混合液至miRNA柱中，12,000 rpm（13,400xg）離心30sec。

（11）棄濾液，把miRNA柱置回收集管中。加入500 μl Buffer miRW1（已加乙醇）至miRNA柱中，室溫放置1min，12,000 rpm（13,400xg）離心30sec。

（12）棄濾液，把miRNA柱置回收集管中。加入500 μl Buffer miRW2（已加乙醇）至miRNA柱中，室溫放置1min，12,000 rpm（13,400xg）離心30sec。

（13）棄濾液，把miRNA柱置回收集管中。加入500μl80％乙醇（需用RNase-freeddH2O新鮮配制）至miRNA柱中，室溫放置1 min，12,000 rpm（13,400xg）離心30 sec。

（14）棄濾液，把miRNA柱置回收集管中。12,000rpm（13,400xg）離心空柱2min，甩干miRNA柱的基質(zhì)。這一步可全部去除miRNA柱中殘留的乙醇。

（15）將miRNA柱轉(zhuǎn)移至新的1.5ml離心管，室溫晾干2~5min,加入MiPure miRNA Column 最小的洗脫體積是30μl，小于30μl會致RNA的洗脫效率下降。

（16）丟棄miRNA柱，收集的miRNA樣品于-70℃保存。

2.2 動物組織小分子RNA的提取

該方案適合于從少于100mg動物組織中富集小分子RNA（＜200nt）。

（1）組織用量：組織用量是RNA產(chǎn)量和純度的關(guān)鍵因素。試劑盒的組織用量可低至0.01mg，但最大的組織用量取決于樣品中RNA、蛋白質(zhì)和雜質(zhì)的含量。

動物腦組織、脂肪組織，RNA含量較低，組織最大用量可至100mg。

動物肝臟、脾臟、腎臟、胸腺等，含有豐富的RNA，組織用量不要超過20mg。

心臟、肌肉、皮膚含有中豐度的RNA，組織用量不要超過50mg。

＊MiPure miRNA Column結(jié)合能力為200μg。過多的組織用量會造成RNA降解及大分子RNA的污染。如果處理的組織沒有相關(guān)的信息，推薦第一次起始用量為30mg，根據(jù)獲得的結(jié)果來提高或降低組織的用量。

（2）組織的裂解和勻漿：按10～100mg的組織量，加入1ml RNA Isolater。

（3）室溫放置2～3min讓組織充分裂解。

（4）（可選）4℃，12,000rpm（13,400xg）離心10min。小心吸取上清液至新的離心管中。

處理脂肪樣品時，離心后溶液表面會飄浮一層油脂類，小心轉(zhuǎn)移下層清液至新管。

（5）加入200μlCHCL3至裂解液或上清液中。用手劇烈振蕩15 sec，室溫靜置3min。

用渦旋取代振蕩可能會帶入基因組DNA污染。

（6）4℃，12,000 rpm（13,400xg）離心15min。吸取500μl上清液至新的1.5ml離心管中。

請小心吸取上清水相，避免吸到中間層和下層有機相而影響后續(xù)提取結(jié)果。

按2.1的第6～16步進行操作富集小分子RNA。

三、miRNA提取的常見FAQ

離心后分層不明顯？

1．沒有加CHCL3或CHCL3不純：確保加入CHCL3，且不含有3-甲基丁醇或其它添加成分。

2．加入CHCL3后混勻效果不好：加入CHCL3后，一定要劇烈振蕩混勻15sec。顛倒或渦旋會導(dǎo)致分離不明顯或引入DNA污染。如果離心后分離不明顯，重復(fù)振蕩和靜置，然后再離心。

3．樣品中含有機溶劑：若樣品含有有機溶劑如DMSO、乙醇、強堿試劑會影響分層。

RNA產(chǎn)量低？

1．樣品勻漿不充分：處理培養(yǎng)細(xì)胞時，反復(fù)吹打裂解液進行裂解；處理動物組織時，推薦使用機械勻漿器勻漿。

2．樣品起始用量太多：根據(jù)說明書給出的參考用量及實際情況來決定樣品用量。

3．RNA的洗脫效率低：RNase-free ddH2O沒有加到膜上，或洗脫體積不夠。可加入預(yù)熱的30～50 μl RNase-free ddH2O到膜上，室溫靜置2min，然后離心洗脫RNA。

RNA降解？

1．組織／細(xì)胞用量太多：減少樣品用量，正確的樣品用量是獲得理想結(jié)果的必要條件。

2．RNase 污染：操作過程避免RNase的污染。戴一次性干凈手套；在單獨潔凈的區(qū)域操作；戴口罩并在操作過程中避免講話；使用RNase-free的實驗器具，包括槍頭和離心管；RNA實驗所用器具與試劑都應(yīng)專用，避免混用后造成交叉污染；RNase-free ddH2O建議分裝后保存。

下游實驗結(jié)果不理想？

1．鹽分污染：加入Buffer miRW2或80％乙醇后，靜置2min后再離心。

2．乙醇污染：空柱離心轉(zhuǎn)速高于或等于12,000rpm（13,400xg），離心時間為2min。

3．膜材料脫落：脫落到產(chǎn)物中的硅膠膜是不溶解的，可通過12,000rpm（13,400xg）離心2min，僅分離含有小RNA的液體成分保存。

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